藏醫(yī)藏藥歷史悠久。早在遠古時代，生活在西藏高原的居民在同大自然作斗爭中逐步認識到了一些植物的性能及其用于治療的經驗；在狩獵過程中，又逐漸知道了一些動物的藥理作用。相傳在公元前三世紀，就有了“有毒就有藥”的說法。據(jù)《玉妥.云登貢布傳》記載，西藏最早流行的一種醫(yī)學叫《本醫(yī)》，當時還沒有系統(tǒng)的理論，主要靠三種療法，即放血法、火療法、涂摩療法來治病。同時，還用酥油止血，用青稞酒治療外傷等等原始簡單的辦法。

公元四世紀，天竺的著名醫(yī)學家碧棋嘎齊和碧拉孜入藏，傳播了《脈經》、《藥物經》、《治傷經》等五部醫(yī)典，對《本醫(yī)》的發(fā)展起了積極的作用。公元六世紀以來，從內地傳來了醫(yī)學和天文歷算；七世紀，文成公主入藏，帶來了“四百零四種病方，五種診斷法，六種醫(yī)療器械”以及四種醫(yī)學論著如《門介欽莫》（即《醫(yī)學大全》）等。八世紀，金城公主入藏時又帶來了許多醫(yī)藥人員和醫(yī)學論著，并把其中一些著作譯成了藏文，如《索瑪拉扎》（即《月王藥珍》）等等。

赤松德贊時期，藏醫(yī)有了很大發(fā)展，出現(xiàn)了九大著名醫(yī)學家，即玉妥.云登貢布、碧棋列貢、吾巴曲桑、齊齊謝布、米娘絨吉、昌提杰桑、聶巴曲桑、冬門塔杰和塔西塔布。其中玉妥.云登貢布最為有名。

玉妥.云登貢布（708~835年）是吐蕃王朝時期最杰出的醫(yī)學家，曾擔任過贊普的御醫(yī)，是藏醫(yī)學理論體系的奠基人。他走遍西藏各地，廣泛搜集和研究民間醫(yī)方，總結民間醫(yī)藥經驗，還多次赴內地五臺山以及印度、尼泊爾等地，拜中外名醫(yī)為師，曾邀請著名中醫(yī)學家東松（即韓文海）、印度醫(yī)學家新提嘎瓦、尼泊爾醫(yī)學家達瑪錫拉、克什米爾醫(yī)學家?guī)煅虐偷葋聿匮杏憣W術。他結合中外醫(yī)學成果，編著了三十多部醫(yī)學論著從而形成了藏醫(yī)的一整套體系。

藏醫(yī)把人體的生理功能概括為“隆”（指氣、風）、“赤巴”（指火）、“培根”（指粘液）三大因素。

“隆”在人體中的功能是維持生命、氣血運行、肢體的活動和分解食物等等?！奥　被痉譃槲宸N；即：“持命隆”、“下泄隆”、“上行隆”、“平住隆”和“通行隆”

“赤巴”就是膽汁，在人體內的功能是產生和調節(jié)體溫、保持氣色，生智慧、助消化等等?！俺喟汀被痉譃槲宸N，即，消化赤巴、容光赤巴、行動赤巴、視力赤巴和增色赤巴。

“培根”即誕液，在人體內的功能是供營養(yǎng)、長脂肪、調皮膚、正常睡眠等?！芭喔币不痉譃槲宸N，即：根基培根、研磨培根、嘗味培根、饜足培根和粘合培根。

藏醫(yī)認為，以上三種因素的機能如果在人體內維持了平衡，就出現(xiàn)正常的生理現(xiàn)象。反之，就會產生各種疾病。

 藏醫(yī)還認為，人體是由七種物質組成的，即：飲食的精微及血、肉、脂、骨、髓、精。人體的五臟六腑，不是孤立的存在物，通過經絡與其他器官聯(lián)系在一起，構成了人體有機的整體，人與自然界有密切關系，各項生理功能隨著自然界的變化而受到影響。

藏醫(yī)的診斷，采用“望、摸、問”的方法，切脈時，同樣以“寸、關、尺”配屬五臟六腑，而且十分重視“尿診”。

治療時，除使用植物、動物、礦物等藥物外，還配以穿刺、放血等療法。

胚胎學是藏醫(yī)學的重要組成部分。早在公元七世紀，藏醫(yī)就開始了對胚胎學的研究，并初步記述了人體的胚胎發(fā)育，《四部醫(yī)典》中詳細記述了胚胎發(fā)育的整個過程。《五部遺教》之一的《洛本嘎唐》中也記載：“胚胎首先要經歷魚期，其次要經歷龜期和豬期”。藏醫(yī)對人體發(fā)育的研究，在許多方面要早于外國學者。